Грибковый патоген Геномика {Fungal Pathogen Genomics}
Организаторы: Genome Campus Advanced Courses and Scientific Conferences
Контактный телефон: +44 (0) 1223 495100
emal: [email protected]
Королевство грибов включает биологически разнообразную группу организмов, адаптированных к различным нишам окружающей среды, играющих важную роль в экосистемах и здоровье человека / животных / растений. Виды Fusarium, Magnaporthe, Ustilago, Puccinia и Zymoseptoriaугрожают сельскохозяйственным экосистемам и продовольственной безопасности во всем мире, тогда как Aspergillus, Candida, Coccidioides, Cryptococcus, Histoplasma, Pneumocystis, Batrachochytriumи другие грибковые патогены человека и животных вызывают аллергию, серьезные заболевания, а иногда и опасные для жизни инфекции, которые вызывают серьезную обеспокоенность у ветеринарных и медицинских специалистов по всему миру. Кроме того, грибы также являются важными модельными системами для базовых и прикладных исследований и рабочих лошадок в биотехнологической, пищевой, фармацевтической и биотопливной промышленности.
Достижения в технологиях генерирования данных «omics» с высокой пропускной способностью позволяют исследователям проводить крупномасштабные анализы для изучения геномов, транскриптомов, протеомов и метаболомов многочисленных грибковых организмов для решения вопросов о патогенности, взаимодействиях между хозяином и патогеном, а также для определения новых лекарственных целей. Для облегчения доступности и анализа был разработан ряд онлайновых грибковых биоинформационных ресурсов.
Этот недельный курс представляет собой совместную учебную работу между веб-источниками грибкового поиска данных:
- FungiDB
- EnsemblFungi
- PomBase
- SGD / CGD
- MycoCosm
- JGI
Курс Fungal Pathogen Genomics предлагает практические занятия по использованию уникальных инструментов, предлагаемых каждой базой данных; разрабатывать проверяемые гипотезы и исследовать наборы транскриптомики, протеомики и геномики в нескольких базах данных и различных пользовательских интерфейсах.
Ежедневные мероприятия на семинаре будут включать в себя индивидуальные и групповые практические занятия, дополнительные лекции по биоинформационным методам и инструментам, используемым в различных базах данных, а также презентации уважаемых приглашенных докладчиков. Например, вы научитесь:
- Выполните анализ и визуализацию RNA-seq и SNP с помощью рабочего пространства EuPathDB Galaxy в FungiDB
- Выявить вторичные кластеры метаболитов в MycoCosm
- Найти гены вирулентности и аннотации в ансамбле
- Доступ к генетическим взаимодействиям в CGD / SGD
- Откройте для себя таксономическую консервацию или фенотипы в PomBase